一日，神农下凡，却在人间暴毙。女娲怀疑，正是伏羲下的毒手。
神界至高神只剩下了伏羲和女娲，双方的斗志越发激烈。
后来，蚩尤率兽等对付人，神族派神将轩辕氏和招唤五灵神对付蚩尤。蚩尤拼尽余力，打开异世界的通道，将残部送达异世界，这些残部在异世界逐渐修炼成“魔”，魔界也逐渐形成。而蚩尤所打开的通道，后来称为‘神魔之井’，五灵神不愿回神界或回灵珠，且开始扰乱人间，女娲神出手对付五灵神，再将五灵神逼回灵珠。
在伏羲的统治之下，神族腐败，人类也对神的积怨已久，终于爆发起义，天帝伏羲下令镇压，遭到人类顽强抵抗，天帝恼怒，下令女娲毁灭人类，重新创造敬神的新人类。
女娲大神抗命不从，并下凡来维护人类。
天帝开除女娲的神籍，派神将毁灭大地，大部分人类遭到屠杀，女娲率领人类对抗神界，补天地，阻洪水，挽救了残存人类的命运。伏羲曾亲自出手，伏击偷袭女娲，让她身受重伤。
天帝伏羲省思后觉得神族也有不对之处，于是下令所有神族回到天界，封闭天界之门，下令神不得任意到人界，从此人神二界完全隔绝。但伏羲出于权力欲望，一直没有赦免女娲，并时常下凡，前来攻击女娲。
不久，女娲的力量渐渐枯竭，龟缩在女...
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