《名侦探柯南》世界。
在经历了数年的黑暗对抗后，少年侦探团的成员们已经从当年的小孩子成长为高中生。
那个曾经让整个东京警察都束手无策的黑衣组织，在工藤新一和宫野志保的联手下，终于在一场决战后彻底瓦解。
随着组织的覆灭，那颗萦绕在两人心头多年的噩梦也终于散去。
在一个晴朗的早晨，工藤新一和宫野志保站在阿笠博士家的阳台上，同时吃下了久违的aptx4869的解药。
药物在体内迅速分解，身体开始发生剧烈的变化——骨骼拉长、肌肉增长、身形逐渐恢复成原本的模样。
看着镜子里重新变回工藤新一的自己，宫野志保也恢复了那个知性优雅的科研精英模样。
宫野志保，这位曾经的雪莉，如今褪去了伪装，展现出她真正的美貌。
“新一，从今天开始，我要在米花高中任教，虽然组织已经覆灭，但我的研究还没有结束。”
宫野志保平静地说道，语气一如既往地冷静。
工藤新一则选择继续做一名侦探，用他那敏锐的洞察力继续守护这座城市。
而少年侦探团的其他成员——圆谷光彦、吉田步美和小岛元太，他们至今都不知道那个总是和他们在一起的眼镜正太柯南，就是他们崇拜的大侦探工藤新一。
同样，他们也不知道那个神秘的茶发少...
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